经历中法战争后，慈禧、奕譞都有加强海防的迫切需要，同时也都有意从地方督抚手中收回海军大权，因此对于李鸿章的建议很感兴趣。1885年8月14日，清廷以李鸿章的奏折“多扼要”，谕令其来京陛见。

李鸿章尚未抵京，左宗棠即病逝福州。左宗棠是当时湘系实际也是满朝文武重臣中，唯一能与李鸿章相抗衡的政治力量。随着他的猝然病逝，朝廷不得不专倚于李鸿章。9月26日，李鸿章抵京，在京停留了二十余天，其间慈禧太后五次予以召见，醇亲王奕譞则会同军机大臣、总理衙门大臣等中枢各位大臣，就海防善后事宜，与李鸿章一同协商交换意见。

诸臣集议后，以总理衙门名义上奏，正式提出设立海部或海防衙门，由特派王大臣综理其事。10月12日，慈禧发布懿旨，同意成立“总理海军事务衙门”，简称海军衙门，由奕譞任总理，庆郡王奕劻、李鸿章任会办，正红旗汉军都统善庆、曾纪泽任帮办。海军衙门下设海疆、款项、船政、器械四个股，共有三十多名官员兼职其中，在中国历史上，还从未有过这样一个军事机构，这也标志着中国海军从此正式成为独立军种。

南北洋水师差距很大，南洋的三支“海军”（南洋海军、福建海军、广东海军）都尚未能够符合近代海军的标准，也缺乏海上作战能力。考虑到这一因素，清军衙门决定暂时先将北洋已有船只集中起来，精练一支海军舰队，等到以后条件具备，再考虑其他舰队。也因如此，海军衙门在设立之初，便将重点放在为北洋海军筹款购舰，以及审批进口海防军火、器械之上。出于同样的原因，虽然机构名义上以奕譞为首，但实际上李鸿章才是唯一的主事人，掌握着海军衙门的实权。

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